Wissenschaftl. Mitarbeiter*in (w/m/d) Metabarcoding-Datenkuratierung u. Bioinformatik Kennz18/2026/2 (Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in)

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) betreibt exzellente pflanzenwissenschaftliche Grundlagenforschung für die Anwendung im Gartenbau mit Schwerpunkt Gemüse und der Nutzung pflanzlicher Diversität. Das IGZ ist Teil der Leibniz-Gemeinschaft und hat seinen Sitz in Großbeeren. Weitere Informationen finden Sie auf unserer Webseite: www.igzev.de .Im Institut ist ab dem 01.02.2027, befristet für zwei Jahre, in der Forschungsgruppe „System Pflanze-Mikroorganismen“ im Rahmen des DFG-geförderten Verbundvorhaben „Vielschichtiger Datenkorpus für KI Anwendungen in der Mikrobiellen Ökologie“ (MuCoME, Förderung im Rahmen „Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme“ (LIS) der DFG) folgende Stelle zu besetzen:Wissenschaftlicher Mitarbeiterin (w,m,div.) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und BioinformatikKennz. 18/2026/2Die Vergütung erfolgt entsprechend der Qualifikation und Erfahrung nach dem Tarifvertrag TV–L, bis zur Entgeltgruppe 13, in Teilzeit mit 80% der regulären Arbeitszeit.Das Projekt erweitert die Microbial Community Database (MiCoDa, https://micoda.idiv.de /) zu einem umfassenden, KI-tauglichen Datenkorpus für die mikrobielle Metabarcoding-Forschung. Gemeinsam mit Partnern am IOW (Warnemünde) und der Hochschule Wismar werden Methoden zur Extraktion und Harmonisierung unstrukturierter Metadaten aus Publikationen sowie zur Kuratierung und Harmonisierung von 16S rRNA-Metabarcoding-Sequenzdaten entwickelt, mit dem Ziel, MiCoDa auf mindestens 200.000 Proben zu erweitern und den öffentlichen Zugang über MiCoDa, GBIF und ENA zu verbessern.Die Aufgaben umfassen- Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S rRNA-Gen-Metabarcoding-Daten von Mock-Communities aus INSDC-Datenbanken sowie durch strukturierte Literaturrecherche- Untersuchung, wie technische Entscheidungen die Vergleichbarkeit archivierter Datensätze beeinflussen- Automatisierung der Kuratierung und Harmonisierung von Metabarcoding-Daten- Anleitung und Betreuung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung- Mitwirkung an der Kommunikation mit der European Nucleotide Archive- Verfassen wissenschaftlicher Publikationen in internationalen Fachzeitschriften mit Peer-Review und Präsentation der Ergebnisse auf KonferenzenIhr Profil- eine abgeschlossene Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt oder einem verwandten naturwissenschaftlichen Fach- Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S rRNA-Metabarcoding-Daten (z.B. dada2) und im Umgang mit...

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